1、型别：有10%以上DNA基因组序列与已知的型别不同，即为一个新的基因型或型别。目前已经确定了200多种HPV亚型，其中40种已知会感染肛门-生殖器区域，当中13种可以启动肿瘤过程。
2、亚型：DNA基因组序列差异在2%-10%之间，即为一个新的亚型。
3、变异体：DNA基因组序列差异在2%以下，即为一个新的变异体。
根据致癌潜力，HPV可分为：高危型HPV和低危型HPV。
高危型HPV（hrHPV) 主要引起外生殖器癌、宫颈癌及高度外阴、宫颈上皮内瘤变及及他部位恶性病变等。
主要型别有：HPV16、18、26、31、33、35、39、45、51、52、53、56、58、59、66、68、73、82等。
低危型HPV（IrHPV) 主要诱发外生殖器和皮肤的CA以及低度外阴、宫颈上皮内瘤变及其他部位的疣类病变和低度上皮内瘤变等。
主要型别有：HPV6、11、40、42、43、44、54、61、70、72、81、83等。
HPV感染部位不同可分为嗜皮肤型和嗜黏膜型：
嗜皮肤型：主要引起表皮的良性病变，如扁平疣、寻常疣、跖疣及疣状表皮发育不良。
嗜黏膜型：主要引起内外生殖器和肛门部位的良性和恶性病变以及口腔和咽部的病变，如子宫颈癌、肛门癌、口咽癌和尖锐湿疣。
致癌型：HPV16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59
很可能致癌型 ：HPV68